Variasi Genetik Prion Protein Gene pada Kucing Domestik (Felis catus) Menggunakan Metode RFLP In Silico

Genetic Variation of Prion Protein Gene in Domestic Cats (Felis catus) Using RFLP In Silico Method

Abstract

FSE adalah penyakit neurodegeneratif yang disebabkan oleh prion yang mempengaruhi semua keluarga kucing. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi genetik  dalam prion protein gene pada kucing domestik (Felis catus) menggunakan RFLP In silico. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang menyajikan karakteristik dari sampel yang diuji. Sampel yang digunakan yaitu sekuen prion protein gene dalam format fasta dari NCBI, dengan nomor identitas NCBI Popset 2445476754. Skrining enzim restriksi dilakukan menggunakan situs insilico.ehu.es. Metode RFLP in silico ini dilakukan menggunakan tools pada situs benchling.com dengan enzim restriksi yang diperoleh selama tahap skrining. Data yang telah didapatkan dianalisis secara deskriptif. Enzim restriksi yang digunakan yaitu enzim HhaI dengan sisi pemotongan pada basa G_CG'C dan enzim DpnI dengan sisi pemotongan pada GA'TC. Hasil restriksi dengan enzim HhaI pada 25 isolat prion protein gene Felis catus menghasilkan 4 variasi alel yaitu alel A1 (frekuensi alel 0,08), alel A2 (frekuensi alel 0,16), alel A3 (frekuensi alel 0,68) dan alel A4 (frekuensi alel 0,08). Restriksi yang dilakukan oleh enzim DpnI menghasilkan 2 alel yaitu alel B1(frekensi alel 0,84) dan alel B2 (frekuensi alel 0,16). Hasil penelitian ini dapat digunakan sebagai rujukan awal penelitian tentang gen Prion kucing domestik pada tahap yang lebih kompleks seperti bioinformatika, maupun pada tahap kerja laboratorium.