Jurnal Ilmiah Samudra Akuatika menerima naskah berupa penelitian asli, review dan komunikasi singkat di seluruh bidang ilmu perikanan yang meliputi namun tidak terbatas pada Budidaya Perairan, Penyakit Ikan, Biologi Perikanan, Teknologi Produk Perikanan, Pemanfaatan dan Pengelolaan Sumber Daya Perikanan, Agribisnis Perikanan, Penyuluhan dan Pengembangan Kelembagaan dan Ilmu Kelautan. 

Sejak 2019, Jurnal Ilmiah Samudra Akuatika menerima naskah yang ditulis dalam Bahasa Inggris dan Bahasa Indonesia. Semua naskah harus diserahkan melalui sistem pengajuan online (https://ejurnalunsam.id/index.php/jisa/user/register). Sebelum penyerahan naskah, penulis harus terlebih dahulu mendaftar sebagai penulis (hanya dilakukan sekali untuk pertama kalinya). Dari sistem online ini, penulis kemudian dapat mengunggah naskah (teks, angka, dan informasi tambahan) dan memeriksa status naskah selama proses peninjauan. Semua naskah akan direview secara double blind review dan setelah proses review selesai maka naskah tersebut akan berstatus "diterima/accepted" dan akan diterbitkan tanpa penundaan masalah berikutnya.